Ditubuhkan pada tahun 2008, UiTM FC membuat kemunculan dalam bola sepak Malaysia dengan menyertai tahap Ketiga Liga Malaysia iaitu Liga FAM Malaysia pada tahun 2009. Kelab ini menduduki tempat Ketiga pada tahun Liga FAM 2012 dan dinaikkan pangkat ke liga peringkat Kedua, Liga Premier Malaysia pada tahun 2013 bagi menggantikan USM FC, yang menarik diri dari Liga Premier Malaysia akibat masalah kewangan.

Pada 25 Julai 2010, kelab ini memenangi edisi pertama Liga IPT dengan mengalahkan UKM FC 3-0 di perlawanan akhir berlansung di Stadium UiTM. Gol pertama UiTM FC dijaringkan oleh Amirizdwan Taj sebelum Fahrul Razi menjaringkan gol kedua pada minit ke-37. Gol ketiga adalah gol sendiri oleh Muhammed Suffian dari UKM FC. Fahrul Razi telah dipilih sebagai pemain dalam perlawanan akhir.

Pada musim 2017, UiTM FC berjaya melayakkan diri ke Piala Malaysia buat kali pertama sejak penubuhan kelab. Untuk musim 2019, UiTM FC berjaya mendapat posisi ke-5 dalam liga. Bagaimanapun, disebabkan perubahan status PKNS FC kepada pasukan feeder Selangor FA, UiTM FC mendapat kenaikan pangkat untuk bermain dalam Liga Super Malaysia 2020 secara merit. Ia adalah kali pertama UiTM FC akan bersaing dalam liga bahagian tertinggi sejak penubuhannya.

Pemilihan pemain UiTM agak unik kerana para pemain termasuk pemain import, harus mengikuti kursus Ijazah Sarjana Muda di Universiti Teknologi MARA (UiTM) untuk dipilih mewakili skuad UiTM FC.